Na década em que o mundo tomou conhecimento da existência da magia, o mundo sofreu uma convulsão maciça. No entanto, um garoto chamado Touta vive em reclusão em uma cidade rural distante dessas mudanças. Sua vida cotidiana é destacada por sua magia usado pela sua professora e seus amigos. Quando sua vida diária tranquila é interrompido, ele embarca em uma aventura única. A história de UQ Holder! acontece depois de todos os acontecimentos de Mahou Sensei Negima!!!